1、内部审计机制不健全
我国农村商业银行内部审计工作虽然也开展一段时间了，但是，并没有配套的内部审计机制，无法让银行内部的审计工作具有规范化与制度化的特点。因此，我国农村商业银行内部审计工作与审计工作的标准有一定差距，甚至会导致现有银行内部审计工作变得无法可依或者说有法不依。
2、内部审计技术较落后
我国农村商业银行内部审计手段仍然使用传统的详细审计或个人经验审计，具有一定的随意性和主观性，从而造成了银行内部审计周期长、成本高且效率低下，这与国际上当前通用的风险基础审计手段相比较为落后。这主要是由于当前农村商业银行的内部审计工作并没有充分利用好现代信息技术，这就使得内部审计技术显得有些滞后，审计方法也较为陈旧。
3、内部审计监督力量有限
虽然我国农村商业银行的网点众多，但是较为分散，一些工作人员甚至可以直接接触到现金和证券，从而导致银行的内部审计环节只要出现一个小纰漏，都有可能造成较为严重的后果。不幸的是，我国农村商业银行现有的内部审计力量不够强大，也缺乏必要的监督连续性，从而大大弱化了内部审计的效果。
4、内部审计范围较窄
我国农村商业银行的内部审计工作仍然停留在对一些问题的纠错查漏方面，尤其是对一些具体的违法违规行为进行审计和调查，关注的是会计凭证等资料的真实与否，业务操作是否规范等问题，并没有涉及到对信贷资产质量等的审计，更不用说对银行内部深层次的管理制度、监督体系等作出一定的评价和建议，从而在面对日益扩大的银行业务时，其内部审计显得有些过于缓慢而无法覆盖到全面的银行业务范围。
二、我国农村商业银行内部审计问题成因
1、内部审计定位有局限性
我国金融体系日益多元化的趋势不断加快，使得农村商业银行面临着越来越激烈的金融市场竞争。但是，在这样的挑战背景下，我国农村商业银行的内部审计工作部门并没有强化合作意识，因此，内部审计工作开展过程中所需的资金与设备等都无法很好的配套起来，审计人员也没有可靠的法律保障。这主要是因为银行的内部审计工作定位不够全面，还停留在较低的水平，只是把内部审计部门看作简单的检查与监督部门，并没有使其具备较高的权威性。
2、内部审计缺乏专业审计机构
农村商业银行的内部审计工作在形式上就没有设置专业的审计部门，当然无法合乎内部审计的规范要求。只是一些农村商业银行设置了审计委员会，但是，其实质仍然属于管理层管理，并没有获得实质上的独立性。一些银行还把审计与监察部门混同起来，使得内部审计工作缺乏必要的独立性。此外，一些农村商业银行的内部审计人员与被审计部门存在着一定的利益关系，从而使得性质特殊、专抓短板的内部审计工作难以较为独立的开展工作。
3、内部审计内容有缺陷
农村商业银行内部审计工作在实际操作过程中常常受到多种因素的限制，尤其是缺乏必要的审计权限，有时一些审计部门无法参加银行的管理会议，也较难获取相关的审计会议资料，也没有配套的奖惩细则，从而使得银行内部审计工作往往出现某些缺陷或短板。因此，农村商业银行的内部审计工作模式仍然偏向于粗放式管理，并没有重视内部审计内容应当具有的适当性、合法性和有效性，而是仍然以传统的财务事项审计为主，而对其他一些领域缺乏必要的审计，进而影响了整个内部审计的效果。
4、内部审计人员素质偏低
我国农村商业银行内部审计人员数量不足，只有国外银行的五分之一，也没有达到中国人民银行规定的比例，那么，有限的内审人员无法完成较为繁重的内审任务。此外，农村商业银行是从农村信用社改制而来，其人事管理方面还有很多沿袭了信用社时代的人力资源管理方式，缺乏高学历、高素质的内部审计人才，也没有提供多个机会加强内部审计人员的培训，也没有确定的准入标准和考核机制，从而使得一些高能力的员工外流严重。加之农村商业银行建立时间偏短，内审人员使用现代化审计手段方面也存在不适应的地方，从而大大制约了内部审计价值的体现与提升。
三、我国农村商业银行内部审计理论与实践创新的路径
针对农村商业银行的发展情况以及农村金融领域的改革，我国已经从国家政策层面推动了金融体系内部审计工作的创新与升级。作为银行内部控制的再控制过程，内部审计工作的创新与升级对于当前农村商业银行的发展具有十分重大的意义。具体来说，内部审计创新与升级能够促进农村商业银行达到外部监管要求，推动农村商业银行提升内部管理水平，满足利益相关者对农村商业银行的利益诉求，也是市场经济下农村商业银行发展的理性选择。
1、更新内部审计观念
对于农村商业银行来说，其内部审计工作首先受到其内部审计理念的影响。鉴于当前农村商业银行对于内部审计的认识还不够到位，领导层与管理层对于内部审计工作还存在不够重视的现象。因此，农村商业银行必须首先树立起重视内部审计工作的理念，这是农村商业银行内部控制和提高经济效益的客观要求，是推动农村商业银行改革和健全内部约束机制的重要环节，也有利于更好的维护银行的合法权益，强化银行内部干部队伍建设工作，有效推动农村商业银行与国际商业银行惯例接轨。
2、赋予内部审计新内涵
农村商业银行的内部审计工作往往存在短板现象，因此，应该将内部审计内容由财务审计转向经营审计，切实改进银行内部的经营管理工作，让内部审计工作的监督职能转变为服务职能，从而引导其工作核心从单纯的财务审计转向管理审计和风险审计，并改进内部审计方法，尽量做到事前预防、事中控制与事后审计相结合的全过程审计，并不断创新风险管理机制，树立起正确的内部控制理念，真正了解内控的内涵，实现同步控制要求和授权控制要求，并引入客观评价体系，从而使得农村商业银行的内部审计工作变得更新、更全和更可靠。
3、提高内部审计地位
农村商业银行中不少人对于内部审计工作的`认识仍然停留在较低的层次和水平，因此，我们应该尽快重新定位并升级农村商业银行内部审计工作，对其工作性质、重要性进行广泛宣传，并通过微观执行层来实现对宏观战略层的延伸与拓展，让银行全体职员参与进来，共同配合完成。这种定位的升级与创新也会推动银行内部审计工作改变自己的工作角色，提高自身的相对独立性，从而能够让其在形式上和实质性都保持必要的独立性，也会增加内审工作的权威性，有利于内审工作效率与效果的提高。
4、完善内部审计体制
农村商业银行应该尽快完善自身的公司治理机构，从而推动内部审计体制的改革与完善，这是农村商业银行内部审计工作可以顺利实施的重要制度保障。那么，银行就应该逐步建立内部审计垂直管理体制，设立专门的审计部门，并让其具有所有权和使用权分离的产权制度，还要让董事会成为最终的责任人，确保内部审计工作有较强的独立性，从而让银行内部审计工作有更高的可信度与权威性。此外，农村商业银行可以选择人员派驻制度来进行内部审计人员的安排工作，让支行内部审计部门作为总行的派出机构，分割内部审计人员与被审计部门可能存在的利益关系，确保内部审计工作的可靠性与合理性。
5、优化内部审计技术手段
农村商业银行应该加强银行审计的电子化，对有关信息进行优良管理，以计算机网络为技术条件，对银行业务实行再监督，并对银行内部审计工作人员进行相关知识的教育与培训，切实提升他们的信息技术应用能力，从而使得内部审计流程变得更为现代化与规范化，有利于更好的确定审计中的重点与难点，提高审计效率与效果。农村商业银行在内部审计技术手段优化之后，还可以进一步拓展内部审计范畴，比如说，加强对创新业务的审计，注重将业务经营检查与财务收支审计相结合等。当然，这同时需要对内部审计人员进行相关培训，提高他们应用计算机的能力，并注重提高他们的职业道德水平，可以因在制宜的制定和完善审计的管理办法，充分调动审计人员的积极性，调整配备好内审领导班子，建立科学、有效的奖惩制度与激励约束机制，从而真正抓好内部审计工作的质量关。
总之，农村商业银行作为农村信用社转化升级的产物，其还存在着不少急需改革的地方。其中，内部审计工作就是一个重要的改革环节。我们应该尽快转变内部审计理念，实现其定位、职能、范畴、资源配置等方面的创新与升级，让农村商业银行在不长的发展时间内能够更好的提升自己的内部管理水平，发挥出内部审计应有的内部再控制作用。
