电子商务的快捷性、直接性、隐匿性、保密性等特征不仅使得税收扣缴的控管手段失灵，而且客观上促成了纳税人不遵从税法的随意性，加之税收领域现代化征管技术的滞后，使得依法治税变得很困难。
一、电子商务给税收管理带来的挑战
(一)有悖于税收公平原则。
从事电子商务的企业只需在避税地申请服务器并建立网站就可以在避税地设立公司，大量的专业人员则散布于世界各地，通过网络为公司服务，从而达到避税的目的。其次，由于电子商务是一种新兴事物，世界各国对电子商务的税收规定尚未统一，导致企业在不同的国家和地区从事电子商务产生的税负也可能不同，从而违背了现行税收公平原则。
(二)给现行税收体制造成冲击。
(1)纳税义务人识别困难。在电子商务中，整个交易是在网上进行的，交易双方由于各种原因往往隐匿其身份地址和交易行为而不进行税务登记，也不签订有形的合同，其过程和结果很难留下痕迹，加密技术的发展和应用也使确定纳税人身份更为困难，税务机关无法实施有效征收。
(2)课税对象性质较模糊。占电子商务绝大多数份额的网上信息和数据销售业务：如书籍、报纸、音像制品、电脑软件和无形资产等由于具有易被复制和下载的特点而模糊了有形商品和无形资产以及特许权之间的概念，使得税务机关难以通过现行税制确认一项所得究竟是销售货物所得、提供劳务所得还是提供特许权使用费所得，不利于税务机关管理。
(三)加大了税收征管的难度。
(1)对税务登记的影响。现行税务登记的基础是工商登记，但信息网络交易的经营范围是无限的，不需事先经过工商部门的批准。因此，现行有形贸易的税务登记方法不再适用于电子商务，无法确定纳税人的实际经营情况。随着计算机加密技术的成熟，纳税人可以使用加密、授权等多种方式掩藏交易信息，加密技术的发展加剧了税务机关掌握纳税人身份或交易信息的难度，税务机关既要严格执行法律对纳税知识产权和隐私权的保护规定，又要广泛搜集纳税人的交易资料，难度很大。
(2)对账簿、凭证管理的影响。电子商务的无形化给税收征管带来了前所未有的困难。现行的税收征管模式是建立在各种票证和账簿的基础上的，而电子商务交易实行的是无纸化操作，各种销售依据都是以电子形式存在，而且这种电子数据又具有随时被修改而不留痕迹的可能，致使税收征管监控失去了最直接的实物对象，税务部门难以以发票管理作为税务管理着手点。
(3)对申报纳税的影响。电子商务的快捷性、直接性、隐匿性、保密性等特征不仅使得税收的源泉——扣缴的控管手段失灵，而且客观上促成了纳税人不遵从税法的随意性，加之税收领域现代化征管技术的滞后，使得依法治税变得很困难。从当前情况来看，电子商务交易的进行，使得对应申报税种、纳税地点等税收要素的确定变得无从入手了。
(4)对税务稽查的影响。传统贸易方式下，税务机关都是以纳税人的真实合同、账簿、发票、往来票据和单证为基础来征税的。而电子货币的出现，使得交易双方可匿名交易，导致网上交易身份模糊，税务部门即使要追查供货渠道和货款来源都很困难。还有计算机加密技术的提高，更是加大了税务部门收集资料的难度。特别在c2c领域，买卖双方几乎都形成了这样的共识:不要发票，以降低各自成本。这样，在无账可查的情况下，税务部门的稽核工作更是难上加难。
(四)加剧了国家税收流失的风险。
一方面，电子商务是个新生事物，来势迅猛，发展极快，以致于相应的税收立法、税收政策都来不及全面研究和重新制定，这样就极其容易形成电子商务领域里的“征税盲区”，使本来应征收的关税、消费税、增值税、所得税等税收大量流失。另一方面，电子商务的跨国界性使得避税问题更加突出，纳税人可以很方便地在免税国(地)或低税国(地)设立一个站点并借此进行商务活动，将国内企业作为一个仓库或配送中心，以达到减轻税负的目的。而且，网络技术的应用使一些跨国企业集团内部高度一体化，他们能够轻易地在其内部进行转移定价以逃避税收，使原本较为复杂的转让定价问题变得更为复杂，由此引起的国际避税和反避税斗争将更趋于激烈。
二、完善我国电子商务税收的对策
(一)加快电子商务税收立法。
我国现行税收法律法规还没有把电子商务涵盖进去，而现行税法是建立在有形交易基础之上的，它无法完全解决电子商务的税收问题。因此加快电子商务的税收立法，对于规范和促进电子商务在我国的发展有着十分重要的意义和作用。
我国目前电子商务税收立法的基本内容是：首先，在税法中重新界定有关电子商务税收的基本概念，具体包括“居民”、“常设机构”、“所得来源”、“商品”、“劳务”、“特许权”等电子商务相关的税收概念的内涵和外延。其次，在税法中界定电子商务经营行为的征税范围，根据国情和阶段性原则，对电子商务征税按不同时期分步考虑和实施。在税法中明确电子商务经营行为的课税对象，根据购买者取得何种权利(产品所有权、无形资产的所有权或使用权)，决定这类交易产品属于何种课税对象;在税法中规范电子商务经营行为的纳税环节、期限和地点等。
(二)改革现行税制。
