目前我国正逐步建立健全现代企业制度，在企业内部设立内部审计机构对完善公司治理结构具有重要的现实意义， 而内部审计机构如何才能高效发挥其监督、参谋、经营诊断、 咨询、评价和见证的作用呢?
一、内部审计组织机构的设置
内部审计组织机构是内部审计工作的基础，科学、有效的内部审计组织机构，是内部审计发挥作用的关键。为了充分发挥内审的作用，企业在设置内审组织机构时应坚持以下两条原则。
（一）独立性原则
这是设立内部审计组织机构最重要的原则。在这个原则指导下，内审组织机构在组织人员、工作和经费等方面应独立于被审计单位，独立行使审计职权，不受股东、总经理、其他职能部门和个人的干预，以体现审计的客观性、公正性和有效性。如果将内审机构隶属或合并于本单位的其他部门，就会使内部审计失去其应有的独立性。国际内部审计师协会在《内部审计实务准则》开始就强调：内部审计师“必须独立于他们所审核的活动”，“独立性可使内部审计师提出公正的、不偏不倚的建议和评价，这对于正确的审计工作实施是必不可少的”，而这一点要通过“组织状况和客观性来获得”。
（二）权威性原则
这是内审工作充分发挥作用的另一个关键因素，主要体现在内审组织机构的地位和设置层次上。内审组织机构的组织地位和设置层次越高，权威性越大，内审的作用就发挥得越充分。美国的内部审计实践也表明，内审的组织地位和作用的发挥是相辅相成的。一方面，内审作用的扩大为内部审计赢得较高的组织地位创造了机会；另一方面，组织地位的提高，独立性增强，又为内部审计人员卓有成效地履行其职责，发挥内部审计的职能作用提供了条件。另 外，内部审计要有一定的处罚权，这样才能充分体现内部审计的权威性。
从内审机构设置的原则上看，科学、有效的内部审计组织机构应是：在董事会下设审计委员会，在行政系统——经营管理系统设置审计机构。内审机构，作为审计业务，要向审计委员会负责并报告工作；作为行政内容，要向总经理负责并报告工作；审计委员会成员由董事长、非执行董事、总审计师和非公司董事(外聘)等组成。这种组织模式是现代企业制度下内审组织机构的最佳模式，其理由如下：
1.能够最大限度地体现内审的独立性和权威性。现代企业制度强调内审机构的独立性和权威性，而独立性和权威性的强弱取决于内审机构的隶属关系和领导层次的高低。领导层次越高，独立性和权威性越高，反之越弱。董事会和经营管理机构是企业的主要领导机构，故在其领导下的内审机构能够较好体现它的相对独立性和权威性，从而为内审工作顺利开展奠定良好的基础。
2.这种双向负责、双轨报告，保持双重关系的组织形式，与国际内部审计师协会的《内部审计实务准则》的要求相一致。该准则在绪言部分指出，“内部审计的目的是协助该组织的管理成员有效地履行他们的职责”，而内审所要协助本组织的“管理成员”，是“包括管理人员和董事会成员”两方面的成员的；内审机构是“根据高级管理层和董事会所规定的政策来执行其职能”的，其宗旨、权力和责任的说明(章程)是“由高级管理层批准并得到董事会认可的”。
3.这种内审组织机构模式有利于保证现代企业制度下内审职能的发挥。传统审计多强调和偏重于内审的监督职能，忽视了内审的评价、鉴证和服务职能。从西方现代内部审计工作的发展来看，其重心已转移到评价、鉴证和建设性功能的发挥上，这同样也是我国内审的发展趋势。在这种组织模式下，内审机构作为审计业务，主要发挥监督职能；作为行政内容，则承担评价、服务等职能，更好地实现内部审计促进“改善经营管理、提高经济效益”职能的发挥。
